Лечение кист является либо консервативным, либо хирургическим и зависит от типа, размера и положения кист, а также от возраста и общего состояния пациента. Целью лечения является полное удаление кистозного образования, чтобы оно не рецидивировало, при этом сохранение соседних структур. В результате лечения поврежденная область восстанавливается до ее первоначальной формы и функции.

Эндодонтическое лечение пораженного зуба может проводиться разными способами. Большие кисты удаляются с помощью процедуры цистэктомии (полное удаление кисты и поврежденной верхушки корня) или цистотомии (киста не ликвидируется полностью, однако постепенно уменьшается в размерах благодаря выведению из нее жидкости). В некоторых случаях зубы должны быть подвергнуты экструзии или апикоэктомии.